Forskningsarbeidet i BY-SIS består av flere delprosjekt som er organisert i tre overordnete arbeidspakker:
Arbeidspakke 1: Byens rom: identitet og tilhørighet.
Delprosjekt: Gatekunst, kulturarv og byrom. Prosjek
tdeltaker: Laima Nomekaite
Arbeidspakke 2: Kritisk blikk på kulturarvens plass i den kompakte byen.
Delprosjekt: Transformasjon av havne- og industriområder
Prosjektdeltakere: Cornelis Evensen, Véronique Simon
Delprosjekt: Oslos plandiskurs. Prosjektdeltakere: Joar Skrede, Sveinung Krokann Berg
Delprosjekt: Kulturarvens plass i den kompakte byen – begrepsavklaring. Prosjektdeltaker: Grete Swensen
Arbeidspakke 3: Tidsdybde som ressurs i dagens by.
Delprosjekt: Den interaktive middelalderbyen. Prosjektdeltakere 2016-2017: Julian Cadamarteri, Jan Brendalsmo, Egil Bauer. I 2018: Julian Cadamateri, Vibeke Martens, Véronique Simon
Delprosjekt: Den dype byen: Arkeologi som konsept i byplanlegging
Prosjektdeltaker: Torgrim Sneve Guttormsen, i 2018: Torgrim Sneve Guttormsen, Véronique Simon