I perioden 1996-2010 utviklet NIKU en rekke strategiske instituttprogram (SIP) som har dannet et viktig fundament for NIKUs faglige utvikling. SIP har utgjort en nødvendig forutsetning for å opprettholde og videreutvikle NIKUs kompetanse for å imøtekomme samfunnets behov for kunnskap på kulturminnefeltet. Instituttprogrammene har hatt et langsiktig perspektiv, og videreutviklet instituttets basiskompetanse.
Mer informasjon om de fagprogrammene fra perioden 2006-2010 finnes i menyen til høyre. Fra og med 2011 iverksettes en ny ordningen med strategiske midler, strategiske instituttsatsinger (SIS)