Valg av metoder med dette arbeidet har variert og vært med på å prege ruinen slik den er i dag. I tillegg har Halsnøy et svært mildt vestlandsklima som gir andre bevaringsforhold enn ruiner på Østlandet. NIKU har på oppdrag fra Riksantikvaren og Sunnhordland museum utført arkivstudier, tilstandsanalyse, tiltaksplan, tatt mørtelprøver, utført arkeologisk utgravning og følger opp istandsettelsesarbeid og tilretteleggelse for publikum.

For å få oversikt over klosteranleggets bakgrunn med tanke på bygningsfaser, forskningshistorikk, og tidligere restaureringer, ble det innledningsvis gjennomført arkivstudier for å samle inn all nødvendig informasjon. I neste omgang ble det utført en tilstandsanalyse i felt, hvor murverk og rom ble gjennomgått suksessivt og mørtelprøver ble tatt.

Etter dette ble opplysninger fra arkivstudiet og feltarbeidet sammenstilt og brukt som grunnlag for forslag til tiltak. Ut fra planer om ny adkomst til klosterområdet, formidling av gjengrodde ruiner og problemer med fuktig jordmasse ble det også gjennomført en arkeologisk utgravning. I tiden fremover vil NIKU involveres i istandsettelsesarbeid og tilrettelegging for publikum.

Halsnøy kloster er som mange andre ruiner komplekst sammensatt både når det gjelder historikk, konstruksjoner, naturlige og mekaniske påvirkninger, forskning, restaurering og formidling, og følgelig trengs det bred tverrfaglig kompetanse for å kunne utføre en totalvurdering og foreslå tiltak som tar flest mulige hensyn.